Heart-Shaped Box è stata scritta da Kurt Cobain verso la fine del 1992, o all'inizio del 1993. Cobain disse che, per scrivere questa sua canzone, si era ispirato ai documentari sui bambini malati di cancro. Cobain lasciò da parte questa canzone per un po' di tempo, ma riprese poi nuovamente a lavorarci, quando insieme alla moglie Courtney Love sì trasferì in un appartamento a Hollywood Hills. Secondo Courtney Love, la canzone è stata scritta in un armadio della camera da letto della coppia. "Abbiamo avuto questo grande armadio", ha spiegato in un'intervista del 1994, di Rolling Stone "e ho sentito che lui stava lavorando su Heart-Shaped Box. Ha scritto la canzone in cinque minuti". La Love ha anche rivelato che chiese a Cobain di poter usare il riff di chitarra per una sua canzone, ma lui la mandò via (più precisamente le disse: "Fuck off!") e richiuse l'armadio dove stava componendo.
